La Fundación Andanatura es una entidad privada sin ánimo de lucro, cuyo patronato marca las directrices y líneas de actuación. Como órgano del gobierno, el patronato ayuda a Andanatura a cumplir sus fines fundacionales.
Los patronos de la Fundación Andanatura son:
- Consejería de Medio Ambiente.
- Empresa de Gestión Medioambiental (Egmasa).
- Empresa Pública para el Desarrollo Agrario y Pesquero de Andalucía, S.A. (DAP).
- Sadiel S.A.
- Fundación Vodafone España.
- Sevillana Endesa.
- Iturri S.A.
- Cajasol
Desde el año 2003, existen las Comisiones Técnicas que dan mayor protagonismo y participación a los patronos en la actividad cotidiana de la Fundación Andanatura.

Consejería de Medio Ambiente |
| Junta de Andalucía - Consejería de Medio Ambiente |
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Desarrollo Agrario y Pesquero |
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